تكذيباً للشائعات التي روجها البعض حول تلوث مياه نبع السن، فقد أجرت مديرية البيئة بطرطوس مجموعة من التحاليل الفيزيائية والكيميائية والجرثومية لمياه نهر السن، التي أثبتت مطابقة المياه للمواصفات القياسية السورية من
جميع المقاييس، وفق الكتاب الموجه لوزارة الدولة لشؤون البيئة بتاريخ 3/4، وذكر المهندس حسن مرجان، مدير البيئة بطرطوس أنه جرى تشكيل لجنة مشتركة من مديرية الموارد المائية ومديرية البيئة والمؤسسة العامة لمياه الشرب ومديرية الصحة والمؤسسة العامة للجيولوجيا والثروة المعدنية بطرطوس، قامت بجولة ميدانية إلى بحيرة السن بتاريخ 28/3/2011 بقصد دراسة نوعية مياه البحيرة من النواحي الفيزيائية والكيميائية والجرثومية من خلال ثلاثة مواقع من البحيرة بالقرب من مأخذ مياه شرب اللاذقية ومأخذ مياه شرب طرطوس ،وجنوب البحيرة، كما أجريت القياسات الحقلية لمياه مواقع الاعتيان المعتمدة (العكارة ـ الناقليةـ PH) وقد أظهرت نتائج القياسات الحقلية لمياه المواقع السابقة بأنها ضمن الحدود المسموحة حسب المواصفة القياسية السورية لمياه الشرب.
وقد أكدت أيضاً التحاليل الكيميائية للعينات المائية المقطوفة قياس العديد من المؤشرات وتبين أيضاً أنها ضمن الحدود المسموحة حسب المواصفة القياسية السورية لمياه الشرب.
وبالنسبة للتحاليل الجرثومية، فقد أجريت من خلال تحديد العصيات الكولونية (الكلية والبرازية) وتبين أنها ضمن الحدود الطبيعية وكذا الحال بالنسبة لتحاليل المعادن الثقيلة النزرة ويقول « مرجان »:إنه لدى مناقشة هذه التحاليل والمشاهدات العيانية تأكدأن وضع البحيرة طبيعي ولايوجد فيها مايشير إلى وجود ظاهرة غير طبيعية، وقد أكدت التحاليل الفيزيائية والكيميائية أن المؤشرات المقاسة ضمن المواصفات القياسية السورية لمياه الشرب، في حين بيّنت نتائج التحاليل الجرثومية وجود بعض العصيات وهذا أمر طبيعي كون المياه غير معقمة ولم يضف لها أي مادة قادرة على قتل البكتريا .
وحول نتائج تحليل الـ Tocالتي أظهرت وجود ارتفاع طفيف في مياه جنوب البحيرة، قال مرجان: إنه أمر طبيعي كون المياه المقطوفة من ضفاف البحيرة وغير مرشحة مايرفع الـ Toc بسبب وجود عوالق، في حين أن المياه التي يتم ضخها في شبكة مياه الشرب مرشحة ولاتحوي عوالق .